Здравствуйте, Сергей.
Нет, добровольно выйти из НИС и встать в очередь на субсидию у Вас не получится - если Вы стали участником НИС в обязательном порядке (а для военных летчиков, окончивших военный вуз и заключивших первый контракт после 1 января 2005 года, это стандартная ситуация), закон не даёт права выбора между этими двумя формами обеспечения. Жилищная субсидия по ст. 15 ФЗ №76-ФЗ распространяется на военнослужащих, которые НЕ являются участниками НИС - это две параллельные, взаимоисключающие системы.
Раз Вы уже в реестре участников НИС, реализация жилищного права идёт через накопительный счёт: либо целевой жилищный заём для покупки квартиры, либо, при увольнении - получение накопленных средств деньгами. И тут есть важный нюанс в Вашу пользу: раз льготная выслуга у Вас больше 20 лет, а квартиру через НИС Вы не покупали, при исключении из списков части Вам полагается выплата всей суммы накоплений на именном счёте без каких-либо вычетов - это положение прямо закреплено в ФЗ №117-ФЗ, в отличие от военнослужащих с выслугой менее 20 лет, которым доначисляют "допы" только за недослуженные годы.
Единственный шанс на переход к субсидии - если по факту Вы были включены в НИС не в обязательном, а в добровольном порядке (это редкость для летчиков, но встречается, например, при более старой дате первого контракта). Это видно только из основания включения в реестр, которое указывается в выписке.
Получите конкретный план действий по ситуации: что сделать дальше, какие документы подготовить и на какие сроки ориентироваться.