Если да, то не будет ли это создавать конфликт интересов?

Здравствуйте! 

формально закон это не запрещает, но риск конфликта интересов действительно есть — и его важно заранее продумать и закрыть.

С точки зрения трудового права должности декана факультета и заведующего кафедрой — самостоятельные. При этом в вузах часто практикуют такое совмещение: человек, будучи деканом, параллельно руководит одной из кафедр факультета. Обычно это оформляют не как совместительство (отдельный трудовой договор), а как совмещение должностей — через дополнительное соглашение к трудовому договору, где прописывают объём дополнительной работы и доплату. 

Суть риска в том, что декан возглавляет весь факультет, а заведующий кафедрой — её конкретное подразделение. Когда один человек занимает обе должности, возникает ситуация, где он одновременно и руководитель уровня «факультет», и руководитель уровня «кафедра». Это создаёт риск подконтрольности самому себе: например, при решении кадровых вопросов (назначение сотрудников кафедры, оценка их работы, распределение нагрузки, премии), учебных или методических вопросов кафедры декан-завкафедрой может оказаться в ситуации, где его личные или карьерные интересы (например, продвижение своего проекта, лояльность конкретным сотрудникам) потенциально влияют на объективность решений. 

Чтобы минимизировать проблемы, я рекомендую сделать следующее:

Прописать чёткие границы полномочий в должностных инструкциях и дополнительных соглашениях. Нужно максимально разграничить зоны ответственности: какие вопросы решает декан в целом по факультету, а какие — завкафедрой в рамках своей кафедры.
Внедрить механизмы контроля и обсуждения. Ключевые решения (особенно кадровые) на уровне кафедры при таком совмещении стоит выносить на обсуждение учёного совета факультета или профильной комиссии — чтобы был внешний взгляд и сдержка. 
Провести оценку ситуации. Иногда в вузах для этого создают комиссию по противодействию коррупции или по этике — она поможет объективно оценить, есть ли в конкретной ситуации реальные риски, и предложить меры по их нейтрализации. 
Быть прозрачным. Если в процессе работы возникают спорные моменты (например, нужно принять решение, где личная заинтересованность может сыграть роль), сотруднику стоит открыто обсудить это с руководством или комиссией по этике. 
В итоге всё сводится к балансу: совмещение возможно, но требует особой внимательности к распределению полномочий и внедрению дополнительных сдержек, чтобы решение всегда оставалось объективным. Если у вас в вузе есть локальные положения о противодействии конфликту интересов — имеет смысл сверить практику с ними, так как в разных учебных заведениях могут быть свои внутренние регламенты. Удачи в решении вопроса!