Или единоличное решение судьи- фильтра - последняя инстанция?

Отмечу, что практика применения этих норм еще не сложилась.

Но мое мнение, что дальнейшее обжалование исключается.

В части 2 ст. 390.4 ГПК РФ указано, что 

1. Кассационные жалоба, представление подаются непосредственно в судебную коллегию Верховного Суда Российской Федерации.
2. Кассационные жалоба, представление подаются:

на вступившие в законную силу судебные постановления мировых судей, апелляционные и иные определения районных судов, принятые ими в качестве суда апелляционной инстанции, если они обжаловались в кассационном порядке в президиум верховного суда республики, краевого, областного суда, суда города федерального значения, суда автономной области, суда автономного округа; на постановления президиумов верховных судов республик, краевых, областных судов, судов городов федерального значения, суда автономной области, судов автономных округов — в Судебную коллегию по гражданским делам Верховного Суда Российской Федерации;

Можно ли считать судебные акты обжалованными в кассационном порядке в президиум городского суда?

На мой взгляд нет, так как по существу Ваша жалоба не рассматривалось, судья отказал в ее передаче в президиум.

Кроме того, и в ч. 1 ст. 390.3 ГПК РФ о сроках обжалования указано, что 

1. В судебную коллегию Верховного Суда Российской Федерации кассационные жалоба, представление подаются в срок, не превышающий трех месяцев со дня вынесения определения в окончательной форме судом кассационной инстанции, рассмотревшим кассационные жалобу, представление по существу.

в Вашем же случае жалоба по существу не рассматривалась, поэтому для ВС РФ нет предмета обжалования.

Каких-то примеров рассмотрения судами жалоб на отказы судей в передаче дел в президиум найти не удалось.

Может у моих коллег какое-то другое мнение будет по этому вопросу.