Оксана, добрый день.
Пополнить ЕНС нужно до подачи уточненки, а не после и не одновременно - это прямо следует из ст. 81 НК РФ в редакции для единого налогового счета: чтобы штраф по п. 1 ст. 122 НК РФ не применили, на момент представления «уточненки» на ЕНС должно быть положительное сальдо в сумме доплаты налога и пеней, и это сальдо должно сохраняться непрерывно, не расходуясь на другие обязательства, до момента вынесения решения по камеральной проверке этой декларации.
Технически сумма доплаты по НДС отражается на ЕНС в день подачи уточненной декларации - это происходит автоматически. Но само по себе отражение начисления не спасает от штрафа. Спасает именно то, что деньги (в размере недоимки + пени) физически лежали на счете уже к моменту, когда вы отправили декларацию. Если сначала отправить декларацию, а потом пополнить счет - даже на следующий день - формально условие для освобождения от штрафа не выполнено, и налоговая имеет полное право начислить 20%.
Второй момент, который часто упускают: пени по НДС нужно считать самостоятельно за каждый день просрочки от установленного срока уплаты (28 января, 28 февраля, 28 марта для 4 квартала) до дня фактической уплаты, и закладывать на счет именно эту сумму, а не «на глаз». Если недоплатить пени хотя бы на рубль - формальное основание для штрафа снова появляется.
Не совсем. Само по себе наличие отрицательного сальдо по первоначальной декларации не является самостоятельным основанием для штрафа. Однако для освобождения от ответственности по пункту 1 статьи 122 НК РФ на дату подачи уточненной декларации на ЕНС должно быть достаточно средств для погашения всей имеющейся обязанности, включая недоимку и пени по уточняемому налогу.
Если отрицательное сальдо сохраняется и означает, что средств на ЕНС недостаточно, условие подпункта 1 пункта 4 статьи 81 НК РФ не будет выполнено, и налоговый орган может применить штраф. Поэтому важно, чтобы на момент подачи уточненной декларации отрицательного сальдо, препятствующего погашению недоимки и пеней, не было.