Здравствуйте.
Нет, за период отсутствия в зоне СВО - с конца мая по июль - надбавка за фактическое выполнение задач (та самая "боевая" выплата с коэффициентом 1,5) мужу не начисляется. Это прямо следует из п. 6 Постановления Правительства РФ № 1071: коэффициент платится только за дни фактического нахождения в зоне конфликта и выполнения там задач, а не за факт "числения" в списках части.
Командировочный лист сам по себе ничего не меняет - муж пока продолжает числиться в своей части, но физически он выехал из зоны СВО, а значит основание для повышающего коэффициента отпадает на весь период поступления. То, что он еще не зачислен в академию, тоже роли не играет - важен именно факт отсутствия в зоне выполнения задач, а не формальный статус.
При этом он не остаётся без выплат вообще: за дни командировки положены суточные по ст. 13 ФЗ № 76-ФЗ, плюс сохраняется оклад по должности и звании. Если поступит и будет учиться больше года - добавится подъемное пособие по ст. 3 ФЗ № 306-ФЗ. Но именно "боевые" за июль в такой ситуации, как правило, не приходят - и это нормально, а не ошибка бухгалтерии.
Есть нюанс, который часто путают в частях: если командир не оформил исключение из зоны выполнения задач правильным приказом, или если формально период командировки перекрывает конец месяца - расчет может задержаться или прийти с ошибкой в любую сторону. Тут важно смотреть точную формулировку приказа о командировании и даты в строевой части.