Здравствуйте. Вероятность принятия встречного иска есть, но она не выглядит высокой, если требования общества относятся к отдельному периоду и самостоятельным договорам оказания услуг с самозанятым, а первоначальный иск касается невыплаченных командировочных расходов уже в рамках трудовых отношений. По ст. 137–138 ГПК РФ встречный иск принимается, если он направлен к зачёту первоначального требования, его удовлетворение исключает первоначальный иск полностью или частично либо оба требования тесно связаны и совместное рассмотрение ускорит разрешение спора. Само указание общества «отказать работнику и взыскать неосновательное обогащение» такой связи не создаёт.
Если общество просит зачесть взыскиваемую сумму против командировочных расходов, суд формально может принять встречный иск. Но Вы вправе возражать, что требования возникли из разных правоотношений, относятся к разным периодам, требуют исследования разных обстоятельств и совместное рассмотрение, наоборот, затянет трудовой спор. Тогда суд может отказать в принятии встречного иска и разъяснить обществу право обратиться с самостоятельным иском.
По существу позиция общества также спорная. Отсутствие актов в его бухгалтерии из-за смены сотрудников не доказывает отсутствие оказанных услуг. У Вас имеются договоры, чеки самозанятого и акты, а в платёжных поручениях само общество указало номера и даты этих актов. Эти документы подтверждают основание платежей и опровергают неосновательное обогащение по ст. 1102 ГК РФ. Обязанность возместить командировочные расходы отдельно установлена ст. 168 ТК РФ и не прекращается из-за предъявления самостоятельных имущественных требований работодателя.
На заседание необходимо подготовить письменные возражения против принятия и против удовлетворения встречного иска, приложить договоры, акты, чеки, платёжные поручения и переписку по услугам. Также следует просить суд не откладывать рассмотрение трудового спора из-за требований, не связанных с командировкой. Могу изучить встречный иск после его получения и подготовить мотивированные возражения как по процессуальным основаниям, так и по существу требований общества.