Нет, само по себе отсутствие на службе с разрешения непосредственного руководителя (начальника части) не может автоматически считаться прогулом или грубым нарушением служебной дисциплины. Если Ваш рапорт был согласован уполномоченным руководителем, то отсутствие нельзя расценивать как самовольное.
При этом требование дать письменное объяснение само по себе является законным, если руководитель проводит проверку обстоятельств возможного дисциплинарного проступка. Такое объяснение лучше представить.
Правовое обоснование
Служба в МЧС регулируется не Трудовым кодексом РФ, а Федеральным законом от 23.05.2016 № 141-ФЗ «О службе в федеральной противопожарной службе Государственной противопожарной службы».
Грубым нарушением служебной дисциплины признается отсутствие сотрудника по месту службы без уважительных причин более четырех часов подряд в течение установленного служебного времени. Ключевое значение имеют именно слова «без уважительных причин».
Если:
Вы заранее подали рапорт;
начальник части его согласовал и разрешил отсутствие;
Вы отсутствовали именно в пределах предоставленного разрешения,
то Ваше отсутствие не является самовольным. В такой ситуации вышестоящему начальнику необходимо доказать, что:
начальник части вообще не имел полномочий разрешать такое отсутствие; либо
разрешение было оформлено с нарушением установленного порядка.
Само по себе несогласие начальника отдела с решением начальника части еще не означает, что сотрудник совершил дисциплинарный проступок.
Что делать
Представьте письменное объяснение. Отказываться от его написания не следует, поскольку до применения дисциплинарного взыскания закон предусматривает обязанность затребовать объяснение сотрудника.
В объяснении укажите: дату подачи рапорта;
что рапорт был согласован начальником части;
что Вы отсутствовали исключительно с его разрешения;
цель отсутствия (посещение стоматолога);
что намерения самовольно оставить место службы у Вас не было.
Если у Вас сохранилась копия рапорта с визой начальника части либо иное подтверждение согласования (резолюция, регистрация, электронная переписка и т.п.), приложите копию к объяснительной.
Если несмотря на это будет наложено дисциплинарное взыскание, его можно обжаловать как вышестоящему руководителю, так и в суд, поскольку наличие предварительного разрешения руководителя является существенным обстоятельством при оценке законности взыскания.
Выводы
При изложенных Вами обстоятельствах основания считать Ваше отсутствие прогулом или грубым нарушением служебной дисциплины отсутствуют, если оно было заранее согласовано начальником части, обладавшим соответствующими полномочиями. Объяснительную рекомендуется представить, подробно указав, что Вы действовали с разрешения непосредственного руководителя и не покидали место службы самовольно.
Если мой ответ оказался для Вас полезным и помог разобраться в ситуации, пожалуйста, оцените его. Для меня это очень важно. Благодарю Вас!