Как оплачиваются дни болезни и входят ли в выплаты боевые надбавки?

Краткий вывод

Если речь идет о военнослужащем по контракту (в том числе участнике СВО), то во время болезни и отпуска по болезни сохраняется денежное довольствие в полном объеме, а не выплачивается только оклад. 

При этом с так называемыми «боевыми» есть важный нюанс:

если это ежемесячные надбавки, входящие в состав денежного довольствия, они, как правило, сохраняются;
если это выплаты за фактическое участие в выполнении боевых задач, то за период лечения или отпуска по болезни они обычно не начисляются, поскольку в этот период военнослужащий такие задачи не выполняет. 
Правовое обоснование

Согласно порядку обеспечения денежным довольствием военнослужащих, за период непрерывного нахождения на лечении и в отпуске по болезни военнослужащим по контракту денежное довольствие выплачивается в полном объеме. 

Выводы

Если Вы уточните:

Вы военнослужащий по контракту, мобилизованный или доброволец;
болезнь связана с ранением в зоне СВО или это обычное заболевание,
я смогу ответить, сохраняются ли именно те «боевые» выплаты, которые получаете Вы, поскольку разные виды выплат регулируются по-разному.