Здравствуйте. В уставе лучше писать не «пожизненный срок», а «генеральный директор избирается на неопределённый срок» либо «до принятия решения о досрочном прекращении его полномочий». Закон позволяет установить срок полномочий директора в уставе общества — статья 40 Федерального закона № 14-ФЗ.
Для этого нужно принять решение единственного участника либо протокол общего собрания об утверждении устава в новой редакции и зарегистрировать изменения в ФНС по форме Р13014.
Отдельное новое решение по действующему директору желательно и фактически необходимо, поскольку изменение устава само по себе автоматически не продлевает прежний трёхлетний срок полномочий. В том же решении можно одновременно утвердить новую редакцию устава и избрать действующего генерального директора на неопределённый срок с конкретной даты.
Новый приказ о вступлении в должность формально не является главным документом, подтверждающим полномочия директора, но для кадрового оформления его лучше издать. Также нужно проверить трудовой договор с директором: если он был срочным на три года, следует оформить новый бессрочный трудовой договор либо дополнительное соглашение, поскольку по статье 275 ТК РФ договор с руководителем может быть заключён на неопределённый срок.
То есть оптимальный пакет: новая редакция устава, решение участника об её утверждении и избрании директора на неопределённый срок, форма Р13014, приказ директора и корректировка трудового договора. Более подробно подготовку всего комплекта можно обсудить в личном чате.