Когда он сможет получить остальные выплаты и что для этого надо

Ситуация, которую вы описываете, касается выплат в связи со смертью военнослужащего (или приравненного к нему лица), предусмотренной Постановлением Правительства РФ № 909.

Речь идет о единовременной выплате, которая делится между выгодоприобретателями. В вашем случае круг наследников первой очереди сузился до одного человека — сына.

Почему выплату урезали до 2/3?
Согласно правилам распределения этой выплаты:

Изначально право на получение имеют родители и супруга/супруг погибшего, а также его дети.
Поскольку сын подал документы один, не предоставив свидетельства о смерти родителей, орган, назначающий выплату (обычно это военкомат или СФР), исходил из того, что все законные получатели живы.
Выплата распределяется поровну между всеми имеющими на нее право членами семьи. Если считать, что есть трое (мать, отец, сын), то доля каждого составляет 1/3 от общей суммы.
Сыну выплатили его долю (1/3) и доли его умерших родителей (еще 2/3). Но так как он предоставил свидетельства о смерти позже, процедура пересчета могла затянуться или потребовать отдельного заявления.
Теперь, когда родителей нет в живых, сын является единственным наследником их долей по праву представления.

Как получить оставшуюся часть (1/3)
Оставшаяся часть выплаты (доли отца и матери) должна быть выплачена сыну полностью после предоставления документов, подтверждающих отсутствие других претендентов.

Что нужно сделать:

Подготовить пакет документов:

Заявление о доплате (выдадут в военкомате или отделении Социального фонда России).
Паспорт заявителя (сына).
Документы, подтверждающие родство с погибшим отцом (свидетельство о рождении сына, где вписан отец).
Свидетельства о смерти бабушки и дедушки (родителей погибшего) — те самые документы, которые вы уже предоставляли ранее.
Справка из учебного заведения об очном обучении (подтверждает статус ребенка-инвалида или иждивенца, если это требуется для категории выплаты).
Куда обращаться: Обратитесь в тот же орган, куда подавалось первичное заявление:

Военный комиссариат по месту жительства.
Или клиентскую службу Социального фонда России (СФР).
Срок получения: После подачи полного пакета документов органы обязаны произвести перерасчет и выплатить остаток. Обычно это занимает до 30 дней. Деньги должны поступить тем же способом, которым была получена первая часть выплаты.
Важный нюанс: Если выплата оформлялась через страховщика (страховую компанию), то алгоритм тот же самый — пишется заявление на перераспределение долей и полную выплату единственному выгодоприобретателю.

Поскольку сын учится очно, он сохраняет право на все положенные льготы и выплаты до окончания обучения (но не дольше чем до достижения им возраста 23 лет).