Здравствуйте! Если загранпаспорт был изъят в рамках уголовного дела и официально приобщен к материалам как вещественное доказательство либо изъят по протоколу выемки, то просто оформить новый через МФЦ, скорее всего, не получится. При подаче заявления МВД проверяет сведения о действующем паспорте и основания его отсутствия. Если паспорт числится изъятым следствием, могут отказать в выдаче нового до решения вопроса по делу.
При этом сам факт того, что вы проходите свидетелем, не означает автоматического запрета на выезд за границу. Ограничение возможно только при наличии отдельного процессуального решения, например подписки о невыезде или иных ограничений.
В вашей ситуации важно посмотреть, на каком именно основании удерживаются паспорта. Если следователь просто не возвращает документы без вынесения отдельного постановления о признании их вещественными доказательствами, это можно обжаловать руководителю следственного органа либо в суд по ст. 125 УПК РФ. Нередко после такой жалобы документы возвращают.
Также можно запросить у следователя письменное постановление, где указано, почему паспорт удерживается и на какой срок. Без оформления процессуального статуса самого изъятия удерживать документы бессрочно он не вправе.
С наилучшими пожеланиями, Хабас Феликсович.