Здравствуйте!
Срок отпуска считается по приказу командира части. В Положении о порядке прохождения военной службы сказано так:
7. Отпуск по болезни предоставляется военнослужащему на основании заключения военно-врачебной комиссии в соответствии с Положением о военно-врачебной экспертизе.
Обязательным условием для того, чтобы претендовать на отпуск по болезни, должно быть решение ВВК признать военнослужащего временно не годным к военной службе.
Если такое решение ВВК будет принято, командир не может отказать в предоставлении отпуска по болезни, соответствующий приказ должен быть издан, тогда и пойдёт срок отпуска.
При необходимости военнослужащий может и должен обращаться в военную прокуратуру, если его права будут нарушены.
Если необходима дополнительная консультация либо помощь в составлении письменных документов, можете обратиться в мой чат, по правилам сайта услуги в чате платные.