Добрый день. Вернуть сумму можно, но не автоматически только по причине истечения 3-летнего срока давности. Важно разделить две ситуации: если задолженность реально существовала, а вы добровольно её оплатили уже после истечения срока исковой давности, то по ст. 206 ГК РФ такое исполнение само по себе обратно не возвращается. Но если платёж был именно ошибочным, то есть обязанности платить уже не было, сумма неверно зачтена, задолженность была погашена ранее, указан неправильный период, КБК, основание платежа либо Росприроднадзор сам по акту сверки подтверждает переплату, тогда сумму можно требовать к возврату как излишне уплаченную либо как неосновательное обогащение по ст. 1102 ГК РФ. Общий срок для такого требования — 3 года по ст. 196 и 200 ГК РФ с момента, когда вы узнали о переплате/ошибочном зачёте.
Практически нужно подать в Росприроднадзор заявление о проведении совместной сверки расчётов и составлении акта сверки, приложить платёжное поручение, документы по начислению задолженности, расчёт и указать, что платёж произведён ошибочно и подлежит возврату либо зачёту. После получения акта сверки подаётся отдельное заявление о возврате излишне уплаченной суммы. Если Росприроднадзор откажет, тогда уже нужно обжаловать отказ и взыскивать сумму через суд, но перед этим важно посмотреть, что именно это была за задолженность и какое основание платежа указано в платёжке.