Здравствуйте! Само по себе увольнение не освобождает от обязательств по договору. Если в договоре действительно предусмотрено, что при увольнении до истечения установленного срока вы обязаны возместить организации понесенные расходы в течение 90 дней, то формально именно этот срок будет для вас обязательным (ст. 309, 310 ГК РФ — обязательства должны исполняться надлежащим образом, односторонний отказ от их исполнения не допускается).
При этом работодатель не может в одностороннем порядке удержать любую сумму из окончательного расчета без соблюдения требований закона. Если вы не сможете выплатить всю сумму за 90 дней, организация вправе обратиться в суд за взысканием задолженности. Уже на стадии переговоров вы можете предложить работодателю заключить дополнительное соглашение о рассрочке платежа на год или иной срок. Если дело дойдет до суда и решение будет вынесено не в вашу пользу, можно ходатайствовать о предоставлении отсрочки или рассрочки исполнения судебного решения на основании ст. 203 ГПК РФ, обосновав свое материальное положение.
Также важно внимательно изучить сам договор. Нередко работодатели включают условия о возврате всей суммы поддержки, однако суды проверяют законность таких положений и соответствие размера взыскиваемой суммы фактическим затратам работодателя. Кроме того, значение имеет основание увольнения: по собственному желанию, по сокращению, по состоянию здоровья, по соглашению сторон и т.д. В ряде случаев основания увольнения могут повлиять на обязанность возврата средств или на объем такой обязанности.
Если вам необходимо разобрать ваш вопрос детально, то напишите мне в личный чат, направив договор об оплате процентов по ипотеке, дополнительные соглашения к нему, пункт о возврате денежных средств и указав основание предстоящего увольнения.