Добрый день.
Да, смысл оспаривать есть, но сначала нужно понять, как именно работодатель оформит ваше отсутствие.
Если вы действительно отсутствовали на работе весь рабочий день без больничного, без согласованного отпуска за свой счёт и без иных подтверждающих документов, работодатель формально может квалифицировать это как прогул (пп. «а» п. 6 ч. 1 ст. 81 ТК РФ).
Однако фраза начальницы «поставлю прогул в личное дело» сама по себе юридического значения не имеет. Для привлечения к дисциплинарной ответственности работодатель обязан соблюсти процедуру, предусмотренную ст. 193 ТК РФ: затребовать письменные объяснения, провести проверку обстоятельств и издать соответствующий приказ.
Если причиной отсутствия было плохое самочувствие, важно понимать, можете ли вы это чем-либо подтвердить: обращением в поликлинику, вызовом скорой помощи, записью к врачу, медицинской справкой или иными доказательствами. Суды нередко оценивают не только наличие больничного листа, но и уважительность причины отсутствия.
Кроме того, отпуск без сохранения заработной платы предоставляется по соглашению сторон (ст. 128 ТК РФ). Поэтому сам по себе отказ руководителя подписать отпуск за свой счёт не является нарушением закона.
Сейчас ключевой вопрос: работодатель уже издал приказ о дисциплинарном взыскании или пока речь идёт только об угрозах со стороны начальницы? От этого зависит дальнейшая стратегия защиты.
Если у вас остались вопросы вы можете написать мне в личный чат. При необходимости помогу подготовить объяснительную, жалобу в трудовую инспекцию.