Здравствуйте, Денис.
Командир не прав, он должен издать соответствующий приказ об освобождении Вас от исполнения обязанностей военной службы и Вы вправе лечиться дома, вне расположения части (места службы).
Устав
внутренней службы Вооруженных Сил Российской Федерации
(утв. указом Президента РФ от 10 ноября 2007 г. N 1495)
359. Справка о частичном или полном освобождении военнослужащего от исполнения должностных и специальных обязанностей, занятий и работ (приложение N 15) или листок освобождения от исполнения служебных обязанностей по временной нетрудоспособности дается врачом на срок до шести суток, а в воинских частях, где должность врача штатом не предусмотрена, — фельдшером на срок до трех суток.… Рекомендации врача (фельдшера) о частичном или полном освобождении военнослужащего от исполнения обязанностей подлежат обязательному выполнению должностными лицами.
Об освобождении от исполнения обязанностей военной службы военнослужащих, проходящих военную службу по контракту, и о выходе их на службу после болезни объявляется в приказе командира полка.
Вы можете подать жалобу вышестоящему командир или в военную прокуратуру на неправомерные действия (решения) командира части.
С уважением! Г.А. Кураев
В чат ко мне можете обратиться, составлю за дополнительную плату