Отменить такой пункт можно только по соглашению сторон через нотариуса либо через суд. Само по себе проживание матери в другом регионе не прекращает её право пожизненного пользования квартирой. В суде обычно нужно доказывать, что она добровольно выехала, не пользуется жильём, утратила интерес к проживанию или согласна отказаться от этого права. Если мать не возражает, проще всего оформить нотариальное соглашение об отказе от права проживания и зарегистрировать изменения в Росреестре. Если у вас возникли дополнительные вопросы или необходимо разобрать вашу ситуацию детально, напишите мне в личный чат