Здравствуйте. В вашей ситуации сначала нужно правильно оформить сам факт причинения ущерба учреждению и определить его размер. То, что автомобиль имеет остаточную стоимость 0 рублей по бухгалтерскому учёту, ещё не означает, что ущерба нет. Остаточная стоимость — это бухгалтерский показатель, а фактический имущественный ущерб может определяться исходя из рыночной стоимости автомобиля до ДТП, стоимости годных остатков, расходов на эвакуацию, хранение, оценку, списание и иных подтверждённых потерь.
По работнику-водителю нужно провести служебную проверку: запросить у него письменные объяснения, собрать документы по ДТП, постановление/решение по делу об административном правонарушении, документы страховой, заключение о невозможности ремонта, акт осмотра автомобиля, заключение оценщика, документы комиссии учреждения. Если водитель признан виновником ДТП и его вина подтверждена официальными материалами, это может быть основанием для взыскания ущерба.
Но удерживать с зарплаты всю сумму просто решением комиссии нельзя. Работодатель вправе своим распоряжением удержать ущерб только в пределах среднего месячного заработка работника и при соблюдении сроков и процедуры. Если сумма ущерба больше среднего месячного заработка, то взыскать её можно либо по добровольному письменному соглашению с работником о возмещении ущерба, либо через суд. В соглашении можно предусмотреть рассрочку и ежемесячные платежи. Если работник не согласен добровольно платить, тогда нужно обращаться в суд.
По сумме ущерба лучше не ориентироваться только на балансовую стоимость 541 тыс. руб. и тем более не на остаточную стоимость 0 руб. Нужно заказать независимую оценку: рыночная стоимость автомобиля на дату ДТП минус стоимость годных остатков, если они есть. Именно эта сумма обычно более обоснованна для предъявления работнику. Если автомобиль был застрахован и учреждение получило страховое возмещение, эту сумму также нужно учитывать, чтобы не взыскать больше фактического ущерба.
Из документов желательно оформить: приказ о проведении служебной проверки, акт служебной проверки, запрос объяснений у водителя, акт осмотра ТС, заключение о невозможности ремонта, отчёт оценщика, решение комиссии учреждения о размере ущерба, предложение работнику добровольно возместить ущерб, соглашение о добровольном возмещении либо исковое заявление в суд.
Если водитель продолжает работать, это не препятствует взысканию ущерба. Но удержания из зарплаты должны быть оформлены строго законно, иначе уже само учреждение может получить трудовой спор.
Если хотите, можете обратиться в личный чат — помогу подготовить комплект документов по служебной проверке, соглашение о добровольном возмещении ущерба либо иск к водителю о взыскании ущерба за разбитый автомобиль.