То, что вам отказали в паспортном столе по месту жительства, ссылаясь на «не их регион», не является препятствием для решения вашего вопроса. Вы имеете право обратиться за заменой паспорта в любое подразделение по вопросам миграции МВД России, независимо от места регистрации (прописки), по экстерриториальному принципу (пункт 83 Административного регламента Министерства внутренних дел Российской Федерации по предоставлению государственной услуги по выдаче, замене паспортов гражданина Российской Федерации, удостоверяющих личность гражданина Российской Федерации на территории Российской Федерации, утвержденного Приказом МВД России от 16 ноября 2020 г. N 773).
Для выяснения точной причины недействительности паспорта и получения нового вам необходимо обратиться в подразделение по вопросам миграции МВД России по месту вашего фактического проживания в Краснодарском крае. Там вам должны предоставить информацию о причине признания паспорта недействительным и принять заявление на выдачу нового паспорта.
Если данную информацию вам не предоставляют тогда нужно направить жалобу в прокуратуру или вышестоящую инстанции (МВД РФ)