Здравствуйте! В первичных документах допустимо указывать адрес головной организации, даже если товары или услуги фактически приобретались через филиал, но при условии, что из документа в целом можно однозначно определить сторону сделки. Налоговые органы в первую очередь смотрят не на «формальный» адрес, а на возможность идентифицировать контрагента, его ИНН, наименование и связь операции с деятельностью организации.
Если филиал не является самостоятельным юридическим лицом, а действует от имени головной организации, то указание адреса головной компании само по себе нарушением не считается. Однако на практике безопаснее дополнительно отражать информацию о филиале (например, через указание его наименования или КПП), чтобы исключить вопросы при проверках.
Штрафы именно за указание «не того» адреса как отдельного нарушения обычно не применяются. Риски возникают в другой плоскости: если налоговая сочтет, что первичный документ оформлен с существенными недостатками и не подтверждает реальность операции, тогда могут снять расходы или вычеты по НДС. Но это происходит не из-за одного только адреса, а при совокупности проблем в документах.
Поэтому сам по себе адрес головной организации в первичке допустим, но лучше оформлять документы так, чтобы роль филиала тоже была прозрачна — это снижает риск споров с налоговой.
С наилучшими пожеланиями, Юрий Михайлович!