Здравствуйте!
Ваша ситуация действительно требует суда, нотариус прав — без определения долей корректно оформить наследство невозможно.
Суть в том, что при покупке дома использовался материнский капитал, а значит по закону доли должны были быть выделены всем членам семьи: матери, её супругу и детям. То, что собственниками оформили только вас с сестрой, считается нарушением, и теперь это исправляется через суд.
Суд будет устанавливать, какие доли фактически должны были быть распределены с учётом: использования материнского капитала, вложенных личных средств (в том числе от продажи квартиры), а также интересов ребёнка.
Теперь по сути вашего вопроса. После смерти сестры её доля не исчезает — она переходит по наследству её дочери как наследнику первой очереди. Поскольку ребёнку 2 года, вы действуете как опекун, но собственником будет именно она.
При этом важно понимать: суд сначала определит «правильные» доли всех участников (включая мать, отчима и ребёнка, на которого использован маткапитал), и только потом будет делиться наследственная часть сестры.
На практике чаще всего происходит так: доли перераспределяются между всеми участниками семьи, включая несовершеннолетнего ребёнка, и затем доля вашей сестры (уже в новом размере) полностью переходит её дочери. Вы сохраняете только свою долю и не наследуете за сестрой, если нет других оснований (например, завещания).
Что касается заниженной стоимости и расписки на 4 млн — суд может учитывать реальные расчёты, но это вопрос доказывания. Такие обстоятельства иногда усложняют процесс, но не лишают вас права на установление долей.
Рекомендую в иске сразу ставить два вопроса: признание долей в праве собственности с учётом материнского капитала и последующее оформление наследства. Также важно привлечь органы опеки — без них суд решение по долям ребёнка не примет.
С наилучшими пожеланиями, Юрий Михайлович!
