Да, в большинстве случаев это юридическое противоречие по смыслу конструкции.
По ГК РФ это разные модели распоряжения правом:
Отчуждение исключительного права (ст. 1234 ГК РФ) — право переходит к приобретателю в полном объёме, правообладатель его утрачивает.
Исключительная лицензия (ст. 1235–1236 ГК РФ) — это не передача права собственности на ИС, а предоставление права использования в определённых пределах; само исключительное право у лицензиара сохраняется.
Если в одном тексте одновременно написано «отчуждение» и «передаётся как исключительная лицензия», суд обычно смотрит не на название, а на фактические условия: объём, срок, территорию, способы использования, возможность выдачи лицензий и т.д.
На практике такие формулировки создают риск переквалификации договора (чаще — в лицензионный, а не отчуждение), с иными правовыми и налоговыми последствиями.
Также важно: если объект подлежит госрегистрации (например, товарный знак, патент), порядок и момент перехода прав зависят от регистрации в Роспатенте.
Для точного вывода по вашей ситуации нужно смотреть сам договор целиком для правового анализа формулировок.