Есть займ под залог недвижимости, не успели подать доп соглашение в росреестр

Здравствуйте! 

1. Если сроки еще не вышли или прошло немного времени:
Позвоните в банк, объясните ситуацию: «Мы подписали допник, но не успели подать его в Росреестр». Попросите подписать новое допсоглашение (или подтвердить, что они не против подачи текущего с опозданием). Лучше, если у вас будет их письменное согласие на подачу (переписка, мессенджер).
Подайте документы. Подать можно через МФЦ или электронно (если у кредитора есть ЭЦП).
2. Если прошло много времени и кредитор начал давить
Пропуск срока подачи документов на регистрацию ипотеки может трактоваться кредитором как ваше неисполнение обязательств. Это грозит:

Штрафом (пени), прописанным в договоре.
Повышением процентной ставки (если такое условие есть в договоре).
Требованием досрочно вернуть весь долг (в редких, самых жестких случаях).

Что делать:

Обязательно выходите на связь с кредитором. Просите мировую. Объясните, что это техническая задержка, а не злой умысел. Предложите прямо сейчас подать документы и попросите не начислять штрафы. Даже если банк ругается, несите документы в МФЦ. Как только Росреестр зарегистрирует обременение, «дыра» в вашей сделке будет закрыта, и острота конфликта спадет.
3. Если обременение не зарегистрировано:

Кредитор не защищен: по закону залог не считается возникшим (п. 1 ст. 341 ГК РФ: права залогодержателя возникают с момента госрегистрации ипотеки).
Теоретически вы можете продать квартиру другому человеку (оформив дарение или куплю-продажу), так как в Росреестре нет записи об обременении. Это, конечно, будет мошенничеством с вашей стороны, но технически возможно до момента регистрации ипотеки.
Кредитор может пойти в суд требовать регистрации залога или возврата денег.