И какие сложности могут возникнуть?

Мария, добрый вечер.

Согласно ч. 4 ст. 10 Федерального закона от 29.12.2006 № 256-ФЗ «О дополнительных мерах государственной поддержки семей, имеющих детей», жилое помещение, приобретенное с использованием средств МСК, должно быть оформлено в общую собственность родителей и всех детей с определением размера долей по соглашению.

В соответствии с п. 15(1) Постановления Правительства РФ от 12.12.2007 № 862, доли должны быть выделены в течение 6 месяцев после снятия обременения (залога) с жилого помещения. Поскольку ваша ипотека погашена 2 года назад, установленный законом срок официально пропущен. Это не лишает вас права выделить доли сейчас. 

1. Перед выделением долей убедитесь, что банк направил в Росреестр уведомление о погашении ипотеки.

Закажите выписку из ЕГРН (через Госуслуги или МФЦ).
В разделе «Ограничение прав и обременение объекта недвижимости» должна отсутствовать запись об ипотеке. Если запись есть, обратитесь в банк за справкой о полном погашении и подайте заявление в МФЦ о снятии обременения.
2. Определение способа оформления
Существует два основных способа:

Соглашение об определении долей (самый распространенный).
Договор дарения (реже, так как технически это выполнение обязательства, а не безвозмездный дар).
3. Расчет размера долей
Закон не устанавливает жесткий размер доли для ребенка. Однако сложившаяся практика и позиция судов (с учетом принципа целевого назначения МСК) рекомендуют рассчитывать минимальную долю следующим образом:

Сумма материнского капитала делится поровну на всех членов семьи (родители + все дети).
Полученная сумма сопоставляется с общей стоимостью квартиры.
Пример: Квартира стоит 6 000 000 руб., МСК — 600 000 руб. Семья из 4 человек. Доля МСК на каждого — 150 000 руб. Минимальная доля ребенка в праве собственности: 150 000 / 6 000 000 = 1/40.
Вы можете выделить доли большего размера, но не меньше расчетной доли МСК.
4. Нотариус обязателен, если квартира находится в совместной собственности супругов и вы одновременно с выделением долей детям производите раздел общего имущества супругов (устанавливаете доли мужа и жены).
Простая письменная форма возможна, если доли выделяются из личной собственности одного родителя или если между супругами уже заключен брачный договор / соглашение о разделе имущества. Однако большинство МФЦ и территориальных отделов Росреестра требуют нотариальное соглашение, чтобы избежать оспаривания прав супругов.
5. Регистрация в Росреестре
После подписания соглашения (у нотариуса или в простой форме) документы подаются в МФЦ.

Госпошлина: 2 000 рублей (делится пропорционально количеству участников соглашения, если подается не через нотариуса). Нотариусы обычно сами подают документы на регистрацию в электронном виде (входит в стоимость услуги).

Возможные сложности и риски:

1. Прокуратура регулярно проверяет исполнение обязательств по МСК. В случае выявления нарушения (как у вас — просрочка 2 года) прокурор может подать иск в суд о принудительном выделении долей.

2. Социальный фонд РФ (бывший ПФР) может потребовать возврата всей суммы материнского капитала в бюджет в связи с нецелевым использованием средств.

3. Вы не сможете законно продать квартиру, пока не выделите доли детям и не получите разрешение органов опеки и попечительства на сделку.

4. В исключительных случаях (если будет доказано намерение обналичить капитал без цели обеспечения детей жильем) действия могут быть квалифицированы по ст. 159.2 УК РФ (мошенничество при получении выплат).

Прямо сейчас начните с того, что: 

1. Получите актуальную выписку из ЕГРН для проверки отсутствия обременений.
2. Обратитесь к нотариусу. Поскольку ипотечная квартира обычно является совместной собственностью супругов, нотариальная форма соглашения практически неизбежна (согласно позиции Росреестра по сделкам с элементами раздела имущества супругов).
3.После регистрации долей сохраните выписки из ЕГРН как подтверждение исполнения обязательства перед государством.

Здравствуйте, Мария.

Если залог погашен в ЕГРН а связи с уплатой ипотеки, то сложностей с выделением долей детям быть не должно в соответствии со статьёй 10 ФЗ О дополнительных мерах государственной поддержки семей, имеющих детей".

Если отец детей жив, то оформляете с ним соглашение об определении долей в квартире и обращаетесь в Росреестр через МФЦ.

Уточните пожалуйста, с отцом детей в браке, он претендует на долю в квартире?

Выделение долей детям при использовании маткапитала — обязательная процедура, которую необходимо выполнить в течение 6 месяцев после полного погашения ипотеки и снятия обременения в Росреестре. Поскольку ипотека погашена 2 года назад, процедуру следует начать немедленно. Основой является составление соглашения о выделении долей (нотариального или в простой письменной форме) и его регистрация в МФЦ.

Доли определяются по соглашению между супругами. Они должны быть не меньше, чем сумма материнского капитала, разделенная на всех членов семьи.

Здравствуйте, Мария.

Как оформлена квартира в данный момент, кто является собственником, состоите Вы в браке или не состоите, сколько детей?

Подскажите с чего начать процедуру выделения?

 При текущем описании ответ на вопрос, с чего начинать процедуру и как ее проводить, невозможен. 

Общие правила прямо указаны непосредственно в п.4 ст.10 ФЗ О дополнительных мерах государственной поддержки семей, имеющих детей

Лицо, получившее сертификат, его супруг (супруга) обязаны оформить жилое помещение, приобретенное (построенное, реконструированное) с использованием средств (части средств) материнского (семейного) капитала, в общую собственность такого лица, его супруга (супруги), детей (в том числе первого, второго, третьего ребенка и последующих детей) с определением размера долей по соглашению. В этом случае правила части 1.1 статьи 30 Жилищного кодекса Российской Федерации не применяются.

Доли должны быть не меньше по своему размеру, чем доля, приходящаяся на каждого члена семьи, определяемая пропорционально доле каждого в сумме материнского капитала, направленной в погашение ипотеки.