Я подала заявление о закрытии ип, жду уведомление и продолжаю рабртать, уведомление пришло задним числом о закрытии, а магазин еще 2 дня проработал, что теперь делать?

Ольга, здравствуйте!

Вы оказались в сложной ситуации. Если уведомление о закрытии ИП пришло задним числом, получается, что ваш магазин работал уже после официального прекращения деятельности в качестве индивидуального предпринимателя.
 
Ваша деятельность как ИП считается прекращенной с даты внесения соответствующей записи в Единый государственный реестр индивидуальных предпринимателей. Эта дата указана в уведомлении из налоговой.

Два дня работы магазина после официального закрытия ИП формально могут расцениваться как ведение предпринимательской деятельности без регистрации.
Вам необходимо минимизировать риски и правильно оформить эти два дня работы.
 
Если магазин еще работает, закройте его прямо сейчас.
Доходы, полученные за эти два дня, не могут быть учтены в рамках вашего ИП, так как оно уже не существовало.

Вариант А: Статус самозанятой.

Если ваша деятельность соответствует критериям самозанятости, вы можете зарегистрироваться как самозанятая (это можно сделать быстро через приложение «Мой налог»).
Сформируйте чеки на доходы, полученные за эти два дня, в приложении «Мой налог». Ставка налога для самозанятых — 4% (если продавали физлицам).
Это позволит вам легализовать доход и уплатить налог.
Вариант Б. Уплата НДФЛ как физлицо.

Если вариант с самозанятостью не подходит, вам придется подать налоговую декларацию по форме 3-НДФЛ как физическое лицо и уплатить налог на доход 13% от полученной прибыли за эти два дня.
 
Если налоговая обнаружит ведение деятельности без регистрации, вам может грозить штраф в размере 10% от полученного дохода, но не менее 40 000 рублей (ст. 116 НК).

Если вы быстро и добровольно легализуете доход (через самозанятость или 3-НДФЛ), вы минимизируете риски и покажете добросовестность.