Здравствуйте.
1. А в чем сложности, в технической части или только юридической?
Если второе, то достаточно любого договора, ограничений в этом плане нет. Причем Вам не обязательно ограничиваться какой-то договорной конструкцией (купля-продажа, лицензионный договор, договор об отчуждении и пр.):
Граждане и юридические лица свободны в заключении договора.
Стороны могут заключить договор, в котором содержатся элементы различных договоров, предусмотренных законом или иными правовыми актами (смешанный договор). К отношениям сторон по смешанному договору применяются в соответствующих частях правила о договорах, элементы которых содержатся в смешанном договоре, если иное не вытекает из соглашения сторон или существа смешанного договора.
Условия договора определяются по усмотрению сторон, кроме случаев, когда содержание соответствующего условия предписано законом или иными правовыми актами (статья 422).
Статья 421 ГК РФ.
В практике стороны часто заключат «договор купли-продажи» (что не совсем корректно, потому что речь об интеллектуальном цифровом объекте) доменного имени, но это незначительные тонкости и в случае необходимости суд будет трактовать такой договор не по его названию, а по содержанию.
А вот какие условия определить для сторон — это вопрос открытый и комплексный. Тут нужно понимать, как будет происходить передача, в какие сроки, какими инструментами будет передан контроль над содержимым сайта и пр.
2. Ну, а если у Вас технически сложности с передачей, тут тоже нужно разбираться, понимать, кто администратор сайта и так далее.
Договор отчуждения должен предусматривать передачу всех составляющих сайта: программного обеспечения, контента, доменного имени и т.д.
Право собственности на сайт переходит в момент заключения договора, если регистрация не требуется всилу пункт 4 статьи 1234 ГК РФ.
Если требуется регистрация исключительных прав, право перейдет после её осуществления.
Доменное имя передается через процедуру, предусмотренную регистратором доменных имен.
Владелец домена и владелец сайта могут не совпадать, но ответственность за содержание сайта несет владелец сайта.
В рамках одного холдинга можно оформить внутреннее распоряжение о передаче сайта от одного юридического лица другому.