Добрый день, Андрей!
Из вашей ситуации следует, что вы проживаете в служебном жилье, полученном во время службы в органах внутренних дел, и после увольнения в 2012 году продолжаете там проживать на законных основаниях (что подтверждается отказом суда в иске военной прокуратуры о выселении).
По вопросу регистрации супруги:
1. Согласно ст. 70 Жилищного кодекса РФ, наниматель жилого помещения по договору социального найма имеет право с согласия членов своей семьи и наймодателя вселить в занимаемое им жилое помещение своего супруга. При этом супруги нанимателя жилого помещения по договору социального найма имеют равные права и обязанности по договору.
2. В случае со служебным жильем действуют положения ст. 100 ЖК РФ, согласно которой к пользованию служебными жилыми помещениями применяются правила о договоре социального найма с учетом особенностей, установленных для служебного жилья.
3. Поскольку ваша супруга указана в договоре, она имеет право на проживание и регистрацию в данном жилом помещении.
4. Отказ в регистрации без объяснения причин является неправомерным. Согласно п. 24 Правил регистрации и снятия граждан РФ с регистрационного учета (утв. Постановлением Правительства РФ от 17.07.1995 №713), отказ в регистрации должен быть мотивированным и может быть обжалован в вышестоящий орган, прокуратуру или суд.
Рекомендации:
1. Запросите письменный отказ в регистрации с указанием причин.
2. Если причины отказа необоснованны или отказ выдан без указания причин, подготовьте жалобу в вышестоящий орган МВД или территориальное подразделение ГУВМ МВД России.
3. Параллельно можно обратиться в прокуратуру с жалобой на неправомерный отказ в регистрации.
4. В случае отсутствия реакции на жалобы, подготовьте административное исковое заявление в суд об оспаривании решения об отказе в регистрации (ст. 218 КАС РФ).
Важно: поскольку суд ранее отказал в иске о выселении, это создает дополнительные основания для защиты ваших прав на проживание и регистрацию членов семьи в данном жилом помещении.
Удачи в делах!