Здравствуйте!
Статус отца-одиночки сохраняется, так как мать ребёнка лишена родительских прав. Факт заключения нового брака не отменяет этот статус. Ваша новая жена не усыновила/удочерила ребёнка.
Дополнительный отпуск продолжительностью 14 суток (предоставляется ежегодно) — это право, а не усмотрение начальника. Основание — ст. 32 Положения о порядке прохождения военной службы (Приказ МО РФ 555). Предоставляется по запросу (рапорту) военнослужащего, прилагается копия решения суда о лишении прав.
Дополнительные выплаты — ежемесячное пособие на ребёнка до 16 лет (устанавливается регионом, уточнять в соцзащите).
А также запрет на увольнение по инициативе командира (работодателя), за исключением грубых дисциплинарных проступков (ч. 4 ст. 261 ТК РФ).
Предоставляется по письменному рапорту с приложением документов, подтверждающих статус (свидетельство о рождении ребёнка, копия решения суда о лишении матери родительских прав).
Так что статус сохранён. Имеете право на 14-суточный дополнительный отпуск и выплаты. Отпуск предоставляется по Вашему рапорту на основании закона.