Есть ли прецеденты или дела, связанные с подобными нарушениями?

День добрый.

наносим коды не на каждую единицу товара,

 Какой вид товара вы маркируете? 

Правила  нанесения кодов  зависят от вида маркируемых товаров, например:

— при маркировке табачной и (или) никотинсодержащей продукции код наносится печатью на потребительскую и групповую упаковку или на этикетку, 
-при маркировке обувных товаров код наносится печатью на потребительскую упаковку, или на сами товары, или на их товарные ярлыки.

Насколько рискованной является наша прежняя практика — и какие виды ответственности могут применяться в реальности?

 Предельно рисковано.

В силу ст. 15.12.1 КОАП 

Непредставление сведений и (или) нарушение порядка и сроков представления сведений, предусмотренных правилами маркировки товаров, подлежащих обязательной маркировке средствами идентификации, либо представление неполных и (или) недостоверных сведений оператору государственной информационной системы мониторинга за оборотом товаров, подлежащих обязательной маркировке средствами идентификации, если представление указанных сведений является обязательным в соответствии с законодательством Российской Федерации, -

влечет предупреждение или наложение административного штрафа на должностных лиц в размере от одной тысячи до десяти тысяч рублей; на юридических лиц — от пятидесяти тысяч до ста тысяч рублей.

Насколько рискованной является наша прежняя практика — и какие виды ответственности могут применяться в реальности?

 Здравствуйте.

Вообще если товар подлежит маркировке, то марка с уникальным кодом должна наноситься производителем или импортером на каждую единицу товара, либо марка должна быть прикреплена или напечатана в виде кода на этикетке товара. Так что коды маркировки следует наносить на каждую единицу товара, если они продаются отдельно.  Это необходимо для того, чтобы направлять в «Честный ЗНАК» данные о введении в оборот, выводе из оборота, перемещениях каждой единицы товара между участниками оборота. 

Ввиду этого

Насколько рискованной является наша прежняя практика — и какие виды ответственности могут применяться в реальности?

 полагаю, что Ваша практика не соответствует положениям о маркировке и Вы можете быть привлечены к административной ответственности по ст. 15.12 КоАП РФ

https://www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_34661/c8a8c13d283fa3416f79b91b3f36da068225c15b/

Согласно п. 2 ст. 15.12 КоАП РФ, административная ответственность для должностных лиц — штраф в размере 5 000 — 10 000 руб. с конфискацией немаркированной продукции, для компаний — 50 000 — 300 000 руб. с конфискацией немаркированной продукции.

Но надо понимать, что это за товар, который Вы продаете.

Уголовная ответственность наступает за особо крупные правонарушения и в случае наличия сговора — штраф до 1 млн руб. или лишение свободы до 5 лет (ст. 171.1 УК РФ). Особо крупным правонарушение считается тогда, когда стоимость немаркированных товаров составляет 1,5 млн руб.

Здравствуйте, Виктория!

Маркировка различных по назначению товаров регулируются соответствующими Правилами..

Правила маркировки  могут иметь свои особенности при нанесении кодов

Поэтому уточните о каком товаре идет речь

Здравствуйте, Виктория! В вашей схеме присутствуют два критических нарушения:

Нарушение правил маркировки.Система прослеживаемости требует, чтобы каждая единица товара, подлежащая продаже конечному потребителю, имела уникальный код Data Matrix.
Нанесение кода только на коробку допустимо только для логистики, при условии, что внутри системы этот код «коробки» привязан к кодам «единиц» внутри.
Если вы продаете товар поштучно, а код был только на коробке это квалифицируется как товар без маркировки.
При вводе товаров в оборот в ГИС МТ вы обязаны указывать реквизиты действующего разрешительного документа (сертификата или декларации соответствия).
Если срок действия документа истек, а вы продолжали выпускать товары, это нарушение техрегламентов и предоставление недостоверных сведений в систему.
Здесь применимы административная и, при больших объемах, уголовная ответственность. 

Ст. 15.12 КоАП РФ (Производство или продажа товаров без маркировки):
Штраф для юрлиц от 50 000 до 300 000 руб.
Конфискация всего предмета правонарушения (всего товара).
Ст. 15.12.1 КоАП РФ (Непредставление сведений или представление недостоверных сведений)
Штраф для юрлиц от 50 000 до 100 000 руб.
Ст. 14.43 КоАП РФ (Нарушение требований технических регламентов)
Штраф для юрлиц  от 100 000 до 300 000 руб. При повторном нарушении  до 1 млн руб. или приостановка деятельности до 90 суток.
Уголовная ответственность применяется если стоимость товаров с нарушениями превышает крупный размер (2,25 млн рублей для большинства товаров, для табака/алкоголя пороги ниже).

Ст.171.1 УК РФ производство, приобретение, хранение, перевозка или сбыт товаров без маркировки.
Наказание штраф до 300 000 руб., принудительные работы или лишение свободы до 3 лет (группой лиц до 4 лет).

Если потребитель купил товар и обнаружил проблему (например, не смог проверить код), он вправе требовать возврата денег и компенсации морального вреда.

Может ли «всплыть» прошлое?
Да, вероятность высокая.

ГИС МТ хранит историю всех операций бессрочно. Переход на «белую» схему не стирает старые записи. Если вы маркировали товар с привязкой к просроченному сертификату, это уже зафиксировано в базе данных.
Сейчас Росаккредитация и ЦРПТ (оператор Честного знака) интегрировали базы. Система автоматически выявляет несоответствия: «Дата ввода в оборот» «Дата окончания сертификата»
Мораторий на плановые проверки действует, но  автоматические сигналы от системы являются основанием для внеплановой проверки прокуратуры и Роспотребнадзора.
Срок давности привлечения к ответственности 1 год с момента совершения нарушения (для длящихся с момента обнаружения).
То есть, риск штрафа за прошлые партии сохраняется в течение года.
Вам надо остановить отгрузку продукции со старой (некорректной) маркировкой. Каждая продажа такого товара сейчас это новое событие административного правонарушения

Срочно оформите новый сертификат/декларацию соответствия. Без него любые действия в системе будут незаконны.

Вам необходимо легализовать товар, который сейчас лежит на складе с неправильными кодами.

Товар, который уже ушел контрагентам, вернуть сложнее.

Если это B2B (дистрибьюторы) лучше отозвать партию или направить им новые коды для переклейки (если договор позволяет), так как рискуют и они тоже.
Если товар уже у розничного покупателя, то здесь риск минимален, если не будет жалоб.