Не сочтут ли вторую продажу коммерческой деятельностью?

Здравствуйте, Зиля.

Клюевым моментом является то, как будет охарактеризован доход от продажи.

Тот факт, что помещение имеет вид: нежилое, если оно не предназначено для личных домашних нужд, является критерием того, что оно изначально приобреталось для целей предпринимательства  -в частности, реализации в последующем. Указанное следует из ст.2 ГК РФ

Гражданское законодательство регулирует отношения между лицами, осуществляющими предпринимательскую деятельность, или с их участием, исходя из того, что предпринимательской является самостоятельная, осуществляемая на свой риск деятельность, направленная на систематическое получение прибыли от пользования имуществом, продажи товаров, выполнения работ или оказания услуг. Лица, осуществляющие предпринимательскую деятельность, должны быть зарегистрированы в этом качестве в установленном законом порядке, если иное не предусмотрено настоящим Кодексом.

и разъяснений ФНС, например, в Письме ФНС России от 07.05.2019 N СА-4-7/8614 О направлении обзора судебной практики по спорам, связанным с квалификацией деятельности физических лиц в качестве предпринимательской в целях налогообложения.

В п.1.1

Следует отметить, что в каждом конкретном случае вопрос о наличии признаков предпринимательской деятельности рассматривается отдельно — в зависимости от вида недвижимого имущества, его целевого назначения (жилое и нежилое) и характера его использования (для личных либо коммерческих целей), его количества, площади, периодичности заключения сделок и иных фактических обстоятельств.

Иными словами, главным будет вопрос -зачем?

В вашей ситуации

Физическое лицо владеет коммерческой недвижимостью 3 года, взята в ипотеку… идут ремонтные работы.

 и последующая продажа с бОльшей долей вероятности может быть оценена налоговым органом, как предпринимательство. 

Одно дело купить гараж или дачу но не пользоваться ими, и другое — какое-то иное нежилое помещение, например, склад или офис, или что-либо еще, сделать в нем ремонт и продать.

Важно подчеркнуть, для целей определения характера дохода, как предпринимательского, не столь важен факт положительного финансового результата, а более значима направленность действий на его достижение, т.е. он может быть и не достигнут по каким-либо причинам.

При продаже физлицом без статуса ИП, применяющего, в частности УСН, возможным последствием этого будет  усмотрение налоговым органом невозможности освобождения от налогооблажения  за давностью владения (см. абз.4 п.17.1 ст.217 НК РФ) и применения имущественных налоговых вычетов согласно пп.4 п.2 ст.220 НК РФ при определении налоговой базы. Тут все будет зависеть от усмотрения налогового органа при проведении мероприятий налогового контроля.

Регистрация ИП, указание соответствующих ОКВЭД в ЕГРИП, применение УСН с объектом «доход» однозначно отнесет доходы подлежащими налогооблажению УСН. -см. Письмо Минфина РФ № 03-04-05/60201 от 28.06.2023 

В связи с этим в случае если индивидуальный предприниматель, применяющий УСН, осуществляет виды предпринимательской деятельности по продаже недвижимого имущества и недвижимое имущество использовалось в предпринимательской деятельности индивидуального предпринимателя, то доходы от его продажи учитываются в составе доходов при определении объекта налогообложения по налогу, уплачиваемому в связи с применением УСН.

Давность владения при его применении при этом не важна.

 Создание Вами ООО и нулевые отчеты по его деятельности значения иметь не будут, к ситуации получения дохода Вами как физическим лицом не имеют отношения.

С уважением