Законно ли будет удержание со стороны компании, если зп приходила согласно приказу?

Добрый вечер!

А чем мотивирует удержание заработной платы работодатель?

Основания для удержания из заработной платы определены трудовым законодательством.

Так, в соответствии со ст.137 ТК РФ

Удержания из заработной платы работника для погашения его задолженности работодателю могут производиться:https://www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_34683/0b97a8e40bb5179ac150db9bb34324c945278f2d/

что мне платили больше чем положено и хотят начать удерживать с меня лишнее. 

Если работнику выплатили больше, чем указано в трудовом договоре, то в данном случае взыскать можно только случаях, определенных законом:

счетной ошибки;

 
если органом по рассмотрению индивидуальных трудовых споров признана вина работника в невыполнении норм труда (часть третья статьи 155 настоящего Кодекса) или простое (часть третья статьи 157 настоящего Кодекса);

если заработная плата была излишне выплачена работнику в связи с его неправомерными действиями, установленными судом.https://www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_34683/0b97a8e40bb5179ac150db9bb34324c945278f2d/

Если указанных оснований нет, то Вы вправе обратиться в трудовую инспекцию, сроки обращения в суд по индивидуальным трудовым спорам установлены ст.392 ТК РФ - 

www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_34683/eff4cd3e27ee6ffdc716306e3cab5c403c3c2dcb/