Можно ли оформить основное место работы врача на 0.25 ставки?

Нет, неполное рабочее время не влияет на Ваши права, связанные с исчислением стажа, аккредитацией и т.д. В самой ст. 93 ТК РФ установлено, что:

Работа на условиях неполного рабочего времени не влечет для работников каких-либо ограничений продолжительности ежегодного основного оплачиваемого отпуска, исчисления трудового стажа и других трудовых прав.

Работодатель настаивает, что на основное место работы может оформить только при условии 0.75 ставки, иначе будут проблемы

Нет таких ограничений в законодательстве. Запросите у работодателя правовое обоснование такого утверждения.

А что касается ставки, то по соглашению между Вами и работодателем режим неполного рабочего времени может быть изменен. Т.е. Вы можете по доп. соглашению к трудовому договору сменить 0,25 ставки на 0,5, 0,75, на полную ставку.

С учётом моего ответа выше далее:

… минимальная ставка может быть у врача для оформления на основное место работы? Ситуация: Сейчас работаю на 0.5 ставки по основному месту работы в коммерческой клинике (клиника А)

Как я указал выше ставка это оплата, по закону в общем размера заработной платы  должен  быть не менее МРОТ.

ТК РФ Статья 133. Установление минимального размера оплаты труда, можете ознакомиться полностью по следующей ссылке:https://www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_34683/2b1d170ec71fc4248eb54dfc0c53522dcbb3776c/

Если установлено неполное рабочее время, может определяться от доли МРОТ определенной пропорционально установленной им продолжительности рабочего времени, что допустимо.

Например с разъяснениями, можете ознакомиться по следующей ссылке:

Гарантия МРОТ распространяется и на трудящихся на условиях неполного рабочего времени-https://www.garant.ru/news/1210454/

Теперь нужно определить, что является полным рабочим временем, а вернее для медицинских работников оно установлено сокращённое.

Общие положения касающиеся медицинских работников указаны в   ТК РФ Статья 350. Некоторые особенности регулирования труда медицинских работников, можете ознакомиться полностью по следующей ссылке:https://www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_34683/57b2c74931d8844c24104ac715e092a757f3364d/

Из статьи следует:

Для медицинских работников устанавливается сокращенная продолжительность рабочего времени не более 39 часов в неделю. 

Отдельным категориям медицинских работников может быть предоставлен ежегодный дополнительный оплачиваемый отпуск. Продолжительность дополнительного отпуска устанавливается Правительством Российской Федерации.

И Постановление Правительства РФ  от 14 февраля 2003 года N 101  «О продолжительности рабочего времени медицинских работников в зависимости от занимаемой ими должности и (или) специальности», можете ознакомиться полностью по следующей ссылке:https://docs.cntd.ru/document/901851978

Т.е. в зависимости от занимаемой должности. согласно приведённым выше положениям законодательства РФ это полное рабочее время медицинских работников, при чём в рамках закона оно сокращённое.

Неполным рабочим временем будет являться рабочее время менее установленного приведёнными выше положениями законодательства РФ в зависимости от занимаемой должности.

Неполное рабочее время и его установление предусмотрены также положениями ТК РФ Статья 93. Неполное рабочее время.

Из статьи следует:

По соглашению сторон трудового договора работнику как при приеме на работу, так и впоследствии может устанавливаться неполное рабочее время (неполный рабочий день (смена) и (или) неполная рабочая неделя, в том числе с разделением рабочего дня на части). Неполное рабочее время может устанавливаться как без ограничения срока, так и на любой согласованный сторонами трудового договора срок.-https://www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_34683/4fc377218364ee95162e6c077045035d75c92c6d/

Далее я продолжу в следующем ответе ниже.

С учётом моих ответов выше далее:

Если речь идёт о рабочем времени. то здесь следует руководствоваться

и 0.25 ставки по внешнему совместительству (клиника Б)...

Касательно совместительства.

Общие положения о рабочем времени закрепляет  ТК РФ Статья 284. Продолжительность рабочего времени при работе по совместительству, можете ознакомиться полностью по следующей ссылке:https://www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_34683/b2c38fed466d631886d3b26c90754a31d282e3cf/

Из статьи следует:

Продолжительность рабочего времени при работе по совместительству не должна превышать четырех часов в день. 

Но это общие положения.

В отношении медицинских работников также ещё и   определены особенности, указанные  в   Постановлении Минтруда РФ от 30.06.2003 N 41 «Об особенностях работы по совместительству педагогических, медицинских, фармацевтических работников и работников культуры», можете ознакомиться полностью по следующей ссылке:https://docs.cntd.ru/document/901869231

Из Постановления следует:

б) продолжительность работы по совместительству указанных категорий работников в течение месяца устанавливается по соглашению между работником и работодателем, и по каждому трудовому договору она не может превышать:

для медицинских и фармацевтических работников — половины месячной нормы рабочего времени, исчисленной из установленной продолжительности рабочей недели;

Что касается оплаты труда (ставки) по совместительству, то она может быть установлена исходя из оснований указанных в законе, и это не обязательно только лишь  пропорционально рабочему времени установленному по совместительству, т.е. рабочее время может быть одно, а оплата труда установлена исходя из других указанных в законе оснований.

Они указаны в  ТК РФ Статья 285. Оплата труда лиц, работающих по совместительству.

Из статьи следует:

Оплата труда лиц, работающих по совместительству, производится

пропорционально отработанному времени,

в зависимости от выработки

либо на других условиях, определенных трудовым договором.-https://www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_34683/21f9ae1bc08ef7fff6919eeffb5b678edc5675b2/

Т.е. как видно предусмотрено несколько оснований для определения оплаты труда в рамках совместительства.

Далее я продолжу в следующем ответе ниже.