Засчитывается ли время после окончания контракта до исключения из списков части в выслугу?

Вы уходите в декрет как я понимаю до окончания контракта?

В таком случае в силу ст. 38 Закона от 28.03.1998 N 53-ФЗ 

Окончанием военной службы считается дата исключения военнослужащего из списков личного состава воинской части.
Военнослужащий должен быть исключен из списков личного состава воинской части в день истечения срока его военной службы, за исключением случаев, когда:
военнослужащий находится на стационарном лечении;
военнослужащий женского пола находится в отпуске по беременности и родам или в отпуске по уходу за ребенком

поэтому срок у Вас истекает в момент исключения из списков части, чтобы там кадры не придумывали

Порядок исчисления времени военной службы для целей назначения пенсии определен в Постановление Правительства РФ от 22.09.1993 N 941

согласно которому

 в выслугу лет для назначения пенсий после увольнения со службы засчитываются:
военная служба (в том числе по призыву) в Вооруженных Силах,

Таким образом, пока прохождение военной службы не завершено, время ее прохождение подлежит включению в выслугу лет для целей назначения пенсии.

С учетом сказанного утверждение о том, что 

Кадры говорят, что время с момента истечения срока контракта до момента исключения из списков части в таком случае в выслугу лет не зачтется

 Не основано на действующем законодательстве и является не верным.