Будут ли какие то проблемы после для меня?

Здравствуйте,  Анна.

Если сможете доказать что Вам недоплачивают, то в судебном порядке можете взыскать недоплаченные суммы за год как минимум, на основании статьи 392 Трудового кодекса РФ.

По поводу беременности. Вас защищает от увольнения по инициативе работодателя статья 261 ТК РФ даже при отсутствии осведомленности о беременности работодателя.

Это следует из содержания пункта 25 Постановления Пленума Верховного Суда РФ от 28.01.2014 N 1.

Если Вы согласитесь на постоянный перевод на должность по которой будет срочный трудовой договор, то Вас могут уволить при выходе основного работника.

Вариантом для Вас будет временный перевод на эту должность в порядке статьи 72.2 Трудового кодекса РФ.

Обратите внимание на выделенное жирным шрифтом.

Трудовой кодекс

Статья 72.2. Временный перевод на другую работу
 

По соглашению сторон, заключаемому в письменной форме, работник может быть временно переведен на другую работу у того же работодателя на срок до одного года, а в случае, когда такой перевод осуществляется для замещения временно отсутствующего работника, за которым в соответствии с законом сохраняется место работы, — до выхода этого работника на работу. Если по окончании срока перевода прежняя работа работнику не предоставлена, а он не потребовал ее предоставления и продолжает работать, то условие соглашения о временном характере перевода утрачивает силу и перевод считается постоянным.

С уважением!  Г.А. Кураев