Здравствуйте, Сергей!
В соответствии со ст. 209 ГК РФ, Вы вправе распоряжаться своим имуществом как захотите. Исходя из ст. 608 ГК РФ, главное — чтобы Вы были собственником имущества, сдаваемого в аренду, а кто будет Вашим арендатором — выбираете сами (тут действует принцип свободы договора, согласно ст. 421 ГК РФ).
Каким образом оформляются документы/договора
Согласно ст. 609 ГК РФ, если одной из сторон будет юридическое лицо (ООО), то соблюдение письменной формы обязательно. Но вообще рекомендую соблюдать ее при любом составе сторон, чтобы все важные моменты были урегулированы.
В силу ч. 2 данной статьи договор подлежит государственной регистрации.
регистрация в Росреестре договора при аренде более 1 года.
Это относится к жилым помещениям (ч. 2 ст. 674 ГК РФ, ст. 51 Федерального закона от 13.07.2015 №218-ФЗ). У Вас же помещение — нежилое, поэтому государственная регистрация требуется вне зависимости от срока действия договора.
как правильно выплачиваются налоги
Поскольку Вы регулярно будете получать прибыль, деятельность будет иметь признаки предпринимательской, поэтому ее лучше узаконить.
Применять налог на профессиональный доход (быть так называемым самозанятым) Вы не можете в силу ограничения, предусмотренного п. 3 ч. 2 ст. 6 Федерального закона от 27.11.2018 №422-ФЗ). Поэтому необходимо зарегистрироваться в качестве ИП.
Если выберете УСН, будете платить 6% с дохода (уплата налога — раз в квартал, декларация — раз в год).
если физическое лицо сдает в аренду, то тогда ИП или ООО становится моим налоговым агентом?
Если бы Вы получали доход как физическое лицо и уплачивали с него НДФЛ, то в силу ст. 226 НК РФ ИП и ООО действительно были бы Вашими налоговыми агентами (т.е. самостоятельно исчисляли, удерживали и уплачивали за Вас налог).
Но, как мы выяснили выше, Вам лучше сдавать помещение как ИП, а не как физическое лицо. Тогда платить Вы будете налог УСН, а не НДФЛ, соответственно, никаких налоговых агентов не будет.