Могу ли я отказать в прописке брату в квартиру, где он имеет 1/3 собственности, а я 2/3 этой же квартиры

не не можете, а пот истребовать расходы за квартиру за последние три года, ваше право 

Марина, добрый день.

Согласно ст. 209 ГК РФ:

1. Собственнику принадлежат права владения, пользования и распоряжения своим имуществом.

Таким образом брат являясь собственником общей долевой собственности имеет полное право зарегистрироваться в данной квартире.

При этом Ваше согласие для этого не требуется вовсе, а следовательно и отказать Вы ему в этом не можете.

При возникновении вопросов обращайтесь...