Хочу понять как мне действовать дальше?

Здравствуйте. К сожалению, вряд ли у Вас получится вернуть средства в связи с пропуском 90 дней. Если срок вышел с указанной  в оферте даты

с даты отгрузки Товара Службе доставки или приемки Товара в соответствующем Пункте приема

В силу ст. 421 ГК РФ

4. Условия договора определяются по усмотрению сторон, кроме случаев, когда содержание соответствующего условия предписано законом или иными правовыми актами (статья 422).

Формально можно подумать в каком-то  контексте над ст. 15 ГК РФ по убытком, но, учитывая условия оферты, шансы минимальны.

Здравствуйте. 

1.  Формально, к сожалению, они правы, и если действительно истек 90-дневный срок, они имеют право отказать в возврате, поскольку вышеуказанный пункт гласит 

В любом случае претензии Продавца относительно невыкупленного (не полученного Покупателем) Товара, переданного Службе доставки или в Пункт приема, и не возвращенного Продавцу в срок установленный пунктом 4.3.7.5 Условий (утраты Товара), должны быть заявлены Продавцом не позднее 90 календарных дней с даты отгрузки Товара Службе доставки или приемки Товара в соответствующем Пункте приема. 

Также в пункте 4.3.7.5.1. указано, что 

В случае, если Маркетплейс не удалось возвратить невыкупленный (не принятый Покупателем) Товар Продавцу по вине Продавца (в Личном кабинете указан некорректный адрес Склада Продавца и (или) неактуальный график работы склада Продавца и (или) Продавец не вышел на связь с водителем и (или) возникли иные обстоятельства, препятствующие или исключающие приемку Товара по вине Продавца), Маркетплейс может использовать все каналы связи, указанные в Личном кабинете Продавца, для информирования Продавца о неудачной попытке возвратить невыкупленный (не принятый Покупателем) Товар. 

В случае если Продавец в течение 15 календарных дней со дня первой неудачной попытки возвратить невыкупленный (не принятый Покупателем) Товар не отправил запрос в Маркетплейс на согласование Доставки невыкупленного (не принятого Покупателем) Товара или не принял невыкупленный (не принятый Покупателем) Товар во вторую попытку, Маркетплейс вправе утилизировать этот невыкупленный (не принятый Покупателем) Товар, а обязательства Маркетплейс по возврату невыкупленного Товара Продавцу будут считаться исполненными надлежащим образом и Продавец будет не вправе предъявлять какие-либо претензии Маркетплейс относительно исполнения данного обязательства. В

В то же время оферта устанавливает, что 

Служба доставки возвращает Товар Продавцу (на склад Продавца или в Пункт клиентских возвратов) или в Пункт приема, или на Склад хранения (в случае оказания Услуг по хранению и складской обработке Товаров) в следующих случаях: 

… Произошел отказ/частичный отказ Покупателя от приемки и/или осуществления оплаты Товара

...

Возврат Товаров Продавцу по месту нахождения Продавца (на склад Продавца) или из Сортировочного центра осуществляется в следующем порядке: В течение 60 (шестидесяти) календарных дней с момента получения статуса Товара «Отказ» Маркетплейс возвращает невыкупленный (не принятый Покупателем) Товар на Сортировочный Центр для передачи Продавцу (далее также – «Срок возврата»). По истечении Срока возврата Продавец вправе самостоятельно забрать невыкупленный Товар из Сортировочного Центра при условии предварительного уведомления Маркетплейс о своем намерении забрать Товар не менее, чем за 1 (один) рабочий день. 

Поэтому также важно учитывать, как вел себя маркетплейс, пытался ли связаться с Вами, направлял ли уведомления. 

2. Теоретически если маркетплейс совсем с Вами не связывался, можно пытаться признать его действия злоупотреблением правом, однако учитывая, что Ваши отношения — предпринимательские, такой сценарий маловероятен. Что бы я порекомендовал Вам попробовать сделать. Направить маркетплейсу обращение, в котором указать на то, что на Вас сильно скажется полная потеря данного товара и, например, Вы готовы обсудить частичную компенсацию его стоимости, если Вам его вернут. Возможно, Вам пойдут навстречу. 

Здравствуйте!

Я продаю свои товары через ООО Маркетплейс (сайт-агрегатор) как юр.лицо, на сайте-агрегаторе

У Вас по сути договор присоединения с агрегатором, подробнее можете ознакомиться с ч. 1 ст. 428 ГК РФ по данной ссылке 

www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_5142/9d688d8d974b72f3a0f35b2eee9605da4a2bddd0/

Могу ли я требовать возврата товара или компенсации его стоимости в судебном порядке несмотря на то что пропустил этот 90 дневный срок?

Можете пробовать ссылаться на положение ч. 2 ст. 428 ГК РФ, поскольку эти условия ( 4.3.7.7.5, и 4.3.7.7.6.)   содержит явно обременительные для присоединившейся стороны условия, исключают или ограничивает ответственность другой стороны. 

Согласно ч. 2  ст. 428 ГК РФ 

2. Присоединившаяся к договору сторона вправе потребовать расторжения или изменения договора, если договор присоединения хотя и не противоречит закону и иным правовым актам, но лишает эту сторону прав, обычно предоставляемых по договорам такого вида, исключает или ограничивает ответственность другой стороны за нарушение обязательств либо содержит другие явно обременительные для присоединившейся стороны условия, которые она исходя из своих разумно понимаемых интересов не приняла бы при наличии у нее возможности участвовать в определении условий договора.

Можете просить изменить условие договора ( оферты) в этой части и требовать Вам компенсации денежных средств за товар, если он уже утилизирован.