Можно ли самозанятому учитывать доходом только агентское вознаграждение при покупке запчастей?

     Добрый день. Вы не вправе применять режим самозанятого, поскольку в силу ст. 4 ФЗ О проведении эксперимента по установлению специального налогового режима «Налог на профессиональный доход» от 27.11.2018 N 422-ФЗ не вправе применять режим НПД 

5) лица, ведущие предпринимательскую деятельность в интересах другого лица на основе договоров поручения, договоров комиссии либо агентских договоров, если иное не предусмотрено пунктом 6 настоящей части;

https://www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_311977/30ba0412dfedfe46e8061ea063246bac59da2b69/

    В Вашем случае необходимо регистрировать либо ИП на том же УСН, либо вырабатывать иные схемы работы. 

    Все остальные  моменты могут быть детально разобраны в рамках отдельной полноценной услуги в чате( кнопочка рядом с фото юриста, доступна при входе на сайт через браузер)

     С уважением Евгений Беляев

Здравствуйте.

Судя по тому, что Вы говорите о своей деятельности, Вы фактически занимаетесь куплей-продажей либо действуете по поручению клиента, указанные виды деятельности не подпадают под самозанятость. Согласно ст. 4 Закона №422-ФЗ

2. Не вправе применять специальный налоговый режим:

2) лица, осуществляющие перепродажу товаров, имущественных прав, за исключением продажи имущества, использовавшегося ими для личных, домашних и (или) иных подобных нужд;

...

5) лица, ведущие предпринимательскую деятельность в интересах другого лица на основе договоров поручения, договоров комиссии либо агентских договоров, если иное не предусмотрено пунктом 6 настоящей части;

Ввиду этого подобная деятельность может осуществляться только в режиме ИП. Соответственно Вам необходимо зарегистрироваться в указанном качестве, выбрать систему налогообложения и строить свою работу исходя из положений, которые регулируют деятельность ИП.

Если Вам потребуется дополнительная консультация по этому вопросу и/или составление документов, либо возникнут иные правовые вопросы, Вы можете обратиться ко мне в чат за персональной консультацией.