Добрый день!
Согласно ст.40 НК РФ налоговые органы при осуществлении контроля за полнотой исчисления налогов вправе проверять правильность применения цен по сделкам лишь в следующих случаях:
1) между взаимозависимыми лицами;
...4) при отклонении более чем на 20 процентов в сторону повышения или в сторону понижения от уровня цен, применяемых налогоплательщиком по идентичным (однородным) товарам (работам, услугам) в пределах непродолжительного периода времени.
В случаях, предусмотренных пунктом 2 ст.40 НК РФ, когда цены товаров, работ или услуг, примененные сторонами сделки, отклоняются в сторону повышения или в сторону понижения более чем на 20 процентов от рыночной цены идентичных (однородных) товаров (работ или услуг), налоговый орган вправе вынести мотивированное решение о доначислении налога, рассчитанного таким образом, как если бы результаты этой сделки были оценены исходя из применения рыночных цен на соответствующие товары, работы или услуги.
Таким образом, исходя из условий вопроса, претензии могут быть со стороны налогового органа к арендодателю. К генеральному директору компании арендодателя могут быть претензии о причинении убытков компании, с последующим возможным взысканием таких убытков со стороны учредителей. Может быть и вариант привлечения к уголовной ответственности по ст.201 УК РФ.
Указанная норма ст. 40 НК РФ не подлежит расширительному толкованию, что вытекает из постановления ФАС Северо-Западного округа от 10.06.2002 № А56-857/02 и от 13.05.2002 № А56-859/02.
У вас стоимость договора аренды за 49 лет составит 110 000 рублей*49=5 390 000 рублей. Но эта сумма будет сравниваться не с суммой купли-продажи недвижимости, а с договорами аренды на аналогичный срок аналогичных помещений.