Или придется ехать в город где стою на учете?

Добрый день! 
Если повестка не вручена лично под подпись в руки, то последствий не будет, но это на сегодня. Однако когда заработает электронный реестр повестка будет считаться врученной, если она размещена в реестре повесток. 
В соответствии со ст. 10 ФЗ-53 

граждане обязаны  сообщить в письменной или электронной форме через Портал государственных и муниципальных услуг (функций) в военный комиссариат либо в местную администрацию соответствующего поселения, муниципального или городского округа, осуществляющую первичный воинский учет, об изменении семейного положения, образования, места работы (учебы) или должности, сведения о переезде на новое место пребывания, не подтвержденные регистрацией, либо выезде из Российской Федерации на срок более шести месяцев или въезде в Российскую Федерацию либо явиться в военный комиссариат в двухнедельный срок со дня наступления указанных событий (при отсутствии уведомления от военного комиссариата об изменении сведений в автоматизированном режиме с учетом требований статьи 8.1 настоящего Федерального закона)

Согласно п. 7  раздела I  Постановления Правительства РФ от 27.11.2006 N 719 «Об утверждении Положения о воинском учете» персональный воинский учет граждан осуществляется по месту их жительства или месту пребывания (на срок более 3 месяцев), в том числе не подтвержденным регистрацией по месту жительства и (или) месту пребывания. 
Да, вы можете сняться удаленно. Нужно будет написать письмо с заявлением о снятии, либо уже по новому месту жительства встать на учет. 
Однако на практике зачастую у граждан бывают затруднения при постановке на учет по почте. 
Я могу составить вам заявление о постановке на воинский учет и проконсультировать по его подаче. Обращайтесь в личные сообщения.