Полина, добрый вечер!
Если услуги по разработке программного обеспечения оказываются белорусской компанией российской организации, то российская организация выступает налоговым агентом по уплате НДС. Это следует из п. 28 и пп. 4 п. 29 Приложения N 18 к Договору о ЕАЭС «Протокол о порядке взимания косвенных налогов и механизме контроля за их уплатой при экспорте и импорте товаров, выполнении работ, оказании услуг».
Такой же порядок применяется и в обратном направлении: российская организация оказывает услуги по разработке ПО белорусской компании, а также при передаче прав на использование программного обеспечения через Интернет (Приложение. Порядок взимания налога на добавленную стоимость при оказании услуг в электронной форме). При этом если оказываются электронные услуги, то организация, оказывающая такие услуги, должна встать на учет в налоговом органе в стране, в которой услугу принимают.
Всегда ли начисляется НДС на такие договора, если даже россиское юр лицо на УСН.
Организация на УСН по общему правилу НДС не платит, но к «агентскому» НДС такое общее правило не применяется (п. 2 ст. 346.11 НК РФ), т.е. удержать и перечислить НДС, как налоговый агент, в указанном выше случае она должна.
В то же время НК РФ предусмотрены льготы по поводу уплаты НДС. Так, не подлежит обложению НДС реализация на территории РФ
исключительных прав на программы для электронных вычислительных машин и базы данных, включенные в единый реестр российских программ для электронных вычислительных машин и баз данных...
подробно пп. 26 п. 2 ст. 149 НК РФ https://www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_28165/c8ebcedc9ddce9d959d6c520c3b0d602f71e8e12/
Если организацией выполняется данное условие НК РФ, то НДС в России не уплачивается, в т.ч. «агентский».