Здравствуйте,
Во-первых, нужно смотреть условия программ, в которых Вы планируете участвовать.
Например, предоставление бюджетных субсидий при приобретении (строительстве) жилья многодетным семьям в Ростовской области регулируется Постановлением Правительства Ростовской области от 07.11.2011 № 95 «О порядке предоставления государственной поддержки гражданам в приобретении (строительстве) жилья с использованием средств жилищного кредита», согласно которому правом получения государственной поддержки пользуются граждане РФ, относящиеся к категории «многодетная семья», постоянно зарегистрированные по месту жительства на территории Ростовской области и нуждающиеся в улучшении жилищных условий
https://www.donland.ru/activity/984/
То есть, для участия нужно чтобы многодетная семья проживали в Ростовской области именно по месту жительства + нужно быть нуждающимися, стоять на учете в силу ст. 51 ЖК РФ
Согласно Областному закону Ростовской области от 7 окт. 2005 № 363-ЗС
Принятие на учет гражданина осуществляется на основании поданного гражданином в орган местного самоуправления по месту жительства...
То есть, для постановки на учет в Ростовской области Вы должны проживать в регионе по месту жительства.
Поэтому ответ на вопрос
могу ли я подать документы на улучшение жилищных условий и встать в очередь на приобретение жилья в Ростовской области по временной прописке
Нет, не можете
Кроме того, согласно Областному закону Об учете граждан в качестве нуждающихся в жилых помещениях, предоставляемых по договору социального найма на территории Ростовской области к заявлению необходимо предоставить сведения о регистрации по месту жительства (пребывания) гражданина и членов его семьи, у Вас регистрация постоянная в Краснодарском крае.
Подробнее можете ознакомиться по данной ссылке
https://docs.cntd.ru/document/802039328