На словах сказали про реабилитационный отпуск, но воинская часть отказывается предоставлять, ссылаясь на то, что отпуск не прописан в заключении

В силу п. 62 Положения о ВВЭ (Постановление Правительства РФ от 04.07.2013 N 565)

 В мирное время военно-врачебная комиссия выносит заключение о необходимости предоставления военнослужащему отпуска по болезни в случае, если срок, по истечении которого военнослужащий может приступить к исполнению обязанностей военной службы, составляет не менее 30 суток.

В случае если указанный срок составляетменее 30 суток, военно-врачебная комиссия выносит заключение о необходимости предоставления военнослужащему освобождения.

Ссылка

https://www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_149096/cca7016ba96c2e29bee8ebed2c44c62b9e83478c/

При этом, в силу ст. 31 Положения о порядке прохождения военной службы

 Отпуск по болезни предоставляется военнослужащему на основании заключения военно-врачебной комиссии в соответствии с Положением о военно-врачебной экспертизе.

поэтому поскоьку ВВК не выносила заключение об отпуске, то командование и не вправе его предоставить. Но оно обязано предоставить освобождение от служебных обязанностей.

В Вашем случае тут есть противоречие в заключении, так как освобождения должно быть предоставлено на срок менее 30 суток, а исходя из заключения, должен быть предоставлен отпуск.

Я бы предложил обратиться в ВВК за разъяснением.