Добрый день.
Нет, его владение считается с момента когда он стал собственником первой своей доли (1/3) то есть с 2000 года. Поскольку с этой даты минимальный срок владения в соответствии с пунктом 4 статьи 217.1 давно прошел налог ему платить не надо.
На эту тему существует множество разъяснительных писем, например письмо Департамента налоговой и таможенной политики Минфина России от 22 января 2020 г. N 03-04-05/3388 Об уплате НДФЛ при продаже недвижимого имущества.
Даже если величина доли одного из собственников изменялась по тем или иным основаниям, минимальный срок владения недвижимостью исчисляется с момента первоначального приобретения доли поскольку изменение состава собственников, в том числе переход имущества к одному из участников общей долевой собственности, не влечет для этого лица прекращения права собственности на указанное имущество. Так как, приобретая долю в праве собственности на имущество, принадлежащей другому участнику, собственник увеличивает объем своих прав в указанном имуществе, однако объект права собственности остается прежним.