С моей стороны есть подтверждающий документ приема передачи с подписью клиента о том что все работы были выполнены и он претензий не имеет

Здравствуйте, Максим! 

Прежде всего, нужно понимать какие требование предъявлены заказчиком, а также видеть обоснования заявленных требований. Только в этом случае можно будет детально разобрать ситуацию и порекомендовать Вам как здесь лучше выстроить защиту.

Согласно ч. 1 ст. 723 ГК РФ 

В случаях, когда работа выполнена подрядчиком с отступлениями от договора подряда, ухудшившими результат работы, или с иными недостатками, которые делают его не пригодным для предусмотренного в договоре использования либо при отсутствии в договоре соответствующего условия непригодности для обычного использования, заказчик вправе, если иное не установлено законом или договором, по своему выбору потребовать от подрядчика: 

безвозмездного устранения недостатков в разумный срок; соразмерного уменьшения установленной за работу цены; возмещения своих расходов на устранение недостатков, когда право заказчика устранять их предусмотрено в договоре подряда (статья 397).

Соответственно, если заказчик считает, что работа выполнена некачественно, он имеет право предъявить одно из вышеуказанных требований. Вместе с тем, необходимо иметь в виду, что заказчик должен доказать факт некачественного выполнения работы и наличие в ней недостатков.