Марина, здравствуйте.
Применять НПД и быть самозанятым грузоперевозчику прямо не запрещено.
Положения Федерального закона N 422-ФЗ не предусматривают запрета на применение специального налогового режима НПД для лиц, оказывающих автотранспортные услуги по перевозке грузов автомобильным транспортом, при условии соблюдения ограничений, предусмотренных Федеральным законом N 422-ФЗ, а также иных федеральных законов, регулирующих ведение соответствующих видов деятельности, и принятых в соответствии с ними нормативных правовых актов. (Письмо Минфина РФ от 3 ноября 2021 г. N 03-11-10/89392).
Вместе с тем, деятельность в сфере грузоперевозок регулируют иные законы и нормативные акты РФ, в частности:
Согласно п. 13 ст. 2 Федерального закона от 08.11.2007 N 259-ФЗ «Устав автомобильного транспорта и городского наземного электрического транспорта» (далее — Закон N 259-ФЗ) под перевозчиком понимается только юридическое лицо или индивидуальный предприниматель, принявшие на себя по договору перевозки груза соответствующие обязанности.
Кроме того, заключение договора перевозки предполагает оформление соответствующего пакета документов (транспортной накладной, путевого листа), обязанность оформления которых возлагается также только на организации и ИП (ч. 1 ст. 8 Закона N 259-ФЗ, Приказ Минтранса России от 28 сентября 2022 г. N 390).
Путевой лист входит в число обязательных документов, которые должен иметь при себе водитель коммерческого транспорта (п. 2.1.1 Правил дорожного движения).
Таким образом, самозанятый не может осуществлять коммерческие грузоперевозки без регистрации ИП и оформления путевых листов. Штраф ему правомерен.
Относительно вызова в ГИБДД генерального директора. Настоятельно рекомендую сходить по данному вызову и пояснить, что у вас заключен договор перевозки. Трудовых отношений с перевозчиком нет. Договор аренды не заключался. Соответственно, у вашей компании нет обязанности составлять путевые листы и ответственности она, как юридическое лицо и ее должностные лица, нести не должны.
п.1 ст. 6 Закона N 259-ФЗ:
1. Путевой лист подлежит оформлению собственником (владельцем) транспортного средства на каждое транспортное средство, осуществляющее движение по дорогам при перевозке пассажиров и багажа, грузов в городском, пригородном и междугородном сообщениях. В случае, если транспортное средство предоставлено во временное владение и пользование за плату по договору аренды транспортного средства с экипажем, путевой лист оформляется арендодателем.
ИП может применять НПД.
Даже если это так- то пока что формально картина такая.