Что делать, если банк списал деньги за погашенный кредит?

Здравствуйте Наталья 

Если всё как вы описали то банк получил неосновательное обогащение 

Неосновательное обогащение возникает, если есть одновременно следующие условия (п. 1 ст. 1102 ГК РФ):
1) лицо приобрело или сберегло имущество без оснований, предусмотренных законом, иным правовым актом или сделкой.
 Приобретенным неосновательно имущество считается, если отсутствовали основания на момент его получения, например, когда оно было получено по незаключенному договору.
 Сбережение возникает, когда основания приобретения имущества были, но затем отпали, а имущество не возвращено. Например, такая ситуация может сложиться, когда договор изначально был, сторона авансом перечислила деньги, но затем договор был расторгнут, а другая сторона удерживает неотработанные к этому моменту денежные средства (п. 1 Информационного письма Президиума ВАС РФ от 11.01.2000 N 49);
2) обогащение произошло за счет другого лица, при этом нет законодательно закрепленных признаков состава хищения. Данное лицо считается потерпевшим, поскольку оно лишается денежных средств, иного имущества без встречного предоставления. Например, вы расторгли договор с контрагентом, по которому вы внесли аванс, но контрагент не выполнил встречные обязательства на сумму аванса (не выполнил работы, не поставил товар). Сумма аванса будет неосновательным обогащением для контрагента.

Таким образом вы должны обратиться с иском к банку но для начала я бы рекомендовал обратиться в банк так как это может быть техническим сбоем и т.д 

Так же я рекомендую обратиться вам на  банки ру после отзыва туда банки оперативно реагируют .

Отправляйте претензию в банк потом иск так у вас будет возможность взыскать с банка дополнительно штраф. 

Наталья надеюсь смог вам помочь 

С уважением Давидьянц А.Г.