Добрый вечер.
Согласно ст.36 ГК РФ,
Опекуны и попечители несовершеннолетних граждан обязаны проживать совместно со своими подопечными. Раздельное проживание попечителя с подопечным, достигшим шестнадцати лет, допускается с разрешения органа опеки и попечительства при условии, что это не отразится неблагоприятно на воспитании и защите прав и интересов подопечного.
Таким образом, отец может вернуть 16-летнюю дочь в квартиру родителей только если докажет суду и органам опеки, что проживание с вами неблагоприятно отразится на воспитании и защите её прав.
Поэтому, девушка в 16 лет должна продолжать ходить в школу до её окончания.
Что касается уголовной ответственности за сексуальные действия, то при наличии согласия девушки, достигшей 16 лет, ответственность не наступает.