Какие варианты можете предложить вы?

Здравствуйте, Игорь.

В соответствии с ч. 1 ст. 105.1 НК РФ

Если особенности отношений между лицами могут оказывать влияние на условия и (или) результаты сделок, совершаемых этими лицами, и (или) экономические результаты деятельности этих лиц или деятельности представляемых ими лиц, указанные в настоящем пункте лица признаются взаимозависимыми для целей налогообложения (далее — взаимозависимые лица).
Согласно п. 11 ч. 2 ст. 105.1 Налогового кодекса РФ  учетом пункта 1 настоящей статьи в целях настоящего Кодекса взаимозависимыми лицами признаются:
физическое лицо, его супруг (супруга), родители (в том числе усыновители), дети (в том числе усыновленные), полнородные и неполнородные братья и сестры, опекун (попечитель) и подопечный.

физл.лицо — не учредитель, но близкий друг единственному учредителю

 покупатель не будет считаться взаимозависимым лицом по смыслу ст. 105.1 НК РФ.

когда и сколько при таком варианте будут платить налоги ООО и физ.лицо?

 Физ. лицо не будет платить налог, ЮЛ на УСН доходы минус расходы платит 15% от разницы между продажной и балансовой стоимостью объекта.

можно ли оформить договор купли-продажи за 2 000 000 руб? средние цены в этом районе около 3 мл.

п. 3 ст. 40 НК РФ

 В случаях, предусмотренных пунктом 2 настоящей статьи, когда цены товаров, работ или услуг, примененные сторонами сделки, отклоняются в сторону повышения или в сторону понижения более чем на 20 процентов от рыночной цены идентичных (однородных) товаров (работ или услуг), налоговый орган вправе вынести мотивированное решение о доначислении налога, рассчитанного таким образом, как если бы результаты этой сделки были оценены исходя из применения рыночных цен на соответствующие товары, работы или услуги.

Рыночная цена определяется с учетом положений, предусмотренных пунктами 4 — 11 настоящей статьи. При этом учитываются обычные при заключении сделок между невзаимозависимыми лицами надбавки к цене или скидки. В частности, учитываются скидки, вызванные:

 
сезонными и иными колебаниями потребительского спроса на товары (работы, услуги);

потерей товарами качества или иных потребительских свойств;

истечением (приближением даты истечения) сроков годности или реализации товаров; 
маркетинговой политикой, в том числе при продвижении на рынки новых товаров, не имеющих аналогов, а также при продвижении товаров (работ, услуг) на новые рынки; реализацией опытных моделей и образцов товаров в целях ознакомления с ними потребителей.

При этом согласно налогоплательщики на УСН не подпадают под проверки в силу ч.4 ст. 105.3 НК РФ. Но ФНС может потребовать уплаты НДФЛ с покупателя в связи с возникновением дохода в виде материальной выгоды по п.2 ч.1 ст. 212 НК.

Таким образом, для минимизации рисков доначисления налога рекомендую продавать недвижимость по рыночной стоимости +/- 20%.

какие варианты можете предложить вы?

— реорганизация ООО. Суть в том, что покупатель вступает в состав учредителей ООО, и ему передается доля в виде объекта недвижимости. После надлежащего оформления права собственности, покупатель покидает состав участников путем создания и выделения нового юридического лица.

— продажа по кадастровой стоимости.

Что касается вашего варианта 

ООО продаёт помещение физ.лицу на 4 000 000 руб по договору купли-продажи. с условием рассрочки на 20 лет и отсрочки первого платежа на 3 года. получается примерно по 17 000 в месяц. но при этом физ.лицо оформляет договор аренды с ООО и сдаёт ему это помещение за 17 000 руб.

Если иное не предусмотрено договором купли-продажи, объект недвижимости, проданный на условиях отсрочки (рассрочки) оплаты, до момента полной оплаты покупателем признается находящимся в залоге у продавца, т.е. в данном случае возникает ипотека в силу закона.

Это следует из совокупности норм п. п. 1, 5 ст. 488, п. п. 1, 3 ст. 489 ГК РФ, п. п. 1, 2 ст. 1 Федерального закона от 16.07.1998 N 102-ФЗ «Об ипотеке (залоге недвижимости)». Ипотека в силу закона подлежит государственной регистрации, которая осуществляется одновременно с государственной регистрацией права собственности лица, чьи права обременяются ипотекой (если иное не установлено федеральным законом). Она возникает с момента государственной регистрации. 

При таком раскладе, налог оплачивается в общеустановленном порядке. 

Препятствий для заключения договора аренды нет. 

Однако такой метод не гарантирует отсутствие притязаний со стороны налоговой. Если ФНС усмотрит попытку снизить налоговую базу, договоры к-п и аренды могут признать мнимыми в судебном порядке.