Если ИП и ГД этого ООО одно лицо, как к этому отнесется ИФНС?

Здравствуйте, Юлия. Вы будете считаться взаимозависимыми, законо это не запрещается. 

Хозяйственные отношения между взаимозависимыми лицами, распространённая и законная практика. Договор между взаимозависимыми лицами ( ст. 105.1 НК РФ — директор способен влиять на условия и результаты сделок с собой, как с ИП) не является противозаконным сам по себе.

Важно, чтобы его условия (не только цена, но и иные условия) были равнозначны среднерыночным. Если указанные условия будут соблюдены, то никаких вопросов от налоговых органов к вам не возникнет.

В противном случае можно говорить о превышении директором полномочий и действии не в интересах общества, что чревато различными последствиями, в том числе, спорами с налоговиками.